Прошла инфа, что ЭДО-провайдер может переслать данные, которые имея в своём составе маркированную продукцию, не прошли через ЧЗ. Это соответствует истине и если да, то где в файле признак этого?

В xml, скорее всего, нигде это не содержится. Т.к. вы же его подписываете с двух сторон. Скорее всего, какой-то отдельный метод АПИ у ЭДО должен быть.

(0) вы про пункт N3 в имени файла? Или что то еще другое?

(2) Что такое N3 в имени файла?

(2) Вот образец имени файла: ON_NSCHFDOPPR_2BM_7840035185_784001001_201611161215253603869_
Вряд ли в нём инфа, что он прошёл через ЧЗ или не прошёл. ЧЗ - это вообще надстройка над данными налоговой.

(3) Имя файла электронного УПД (по приказу ФНС) выглядит следующим образом:ON_NSCHFD_…_GGGGMMDD_**N3**_N4
N3 = «1» — в УПД присутствуют маркированные товары (или прослеживаемые товары).N3 = «0» (или не указан) — маркированных товаров в документе нет

(4) ON_NSCHFDOPPR_2BM...202604170805271200983_20260605_43dc3c3b-ab8f-4525-baf0-068068e94610_0_1_0_0_0_00