Подскажите рабочий сервер и сервер лицензирования на тех же портах должен работать 1540 или разносить по разным...  например сервер лицензирования на 2540 повесить?

сейчас они разнесены... и на самом сервере лицензирования в настройках параметров центрального сервера 2540 стоит.

но при попытке получить лицензию на клиенте пишет:
Ошибка вызова сервиса лицензирования:
Не найдено ни одного сервера с размещенным сервисом
serviceName=LicenseService;serviceID=0a3db51c-6b29-4c6c-9e4b-8174fc77afd6;

(0) порты агента сервера должны быть разными,
полная версия и разрядность платформы на обоих серверах совпадают?

ДНС имена указаны, резолвятся нормально?

Кстати, на всякий случай напомню, что СЛ при неудачной топологии сети может изрядно подтомаживать общую производительночть.