ЗУП:
- Удерживаем по займу - основной долг и проценты (скриншот 1).
- Отражаем в БУ (скриншот 2).

Бухгалтерия:
- Загружаю отражение (скриншот 3).

Каким механизмом 1С: Бухгалтерии это удержание отразить в КУДиР?

(0) А проводки какие возникли после загрузки в БП?

(1) Проводки.

(2) Отлично! Красиво ЗУП отработал и грамотно.
Ежу понятно, что это только бух-проводки. В КУДиР надо вносить записи вручную. Доход по процентам уж точно датой выплаты зарплаты. А вот расходы по оплате труда - надо проверить. Кроме процентов туда ещё и погашение тела займа должно попасть. Проверьте. Если нет - то также ручной записью КУДиР.

Если кексов много, то пишите внешнюю обработку.

(3) Спасибо.
У нас два кредитора - по ним сделаем запись в КУДиР вручную.

(4) Не кредиторы, а заёмщики. Только банк даёт кредит, а мы - займ. Или заём? Как там по-русски )

Так дело не пойдёт. Мало ли какие ещё удержания есть у работников, и что, всю жизнь вручную регистр КУДиР править?

Удержания по ИЛ и по неотработанным отпускам при увольнении уже есть в коде: в общем модуле НалоговыйУчетУСН в процедуре ОтразитьУдержанияИзЗарплаты

Для тех, кто не вникал, поясню: в УСН кассовый метод учёта доходов и расходов. Сколько выплатили - столько и расход. Но удержания из зарплаты уменьшают сумму на руки и если их не учитывать, то получится ошибочно мЕньшая сумма на расход УСН по оплате труда.
Надо алгоритмически добавить сумму удержаний как если это та же выплата зарплаты для КУДиР. Что 70-51 расход, что 70-73(76) расход.  

Добавьте куски кода и для прочих удержаний по аналогии.