Эстония... 
Ладно. Если записи есть, хотя есть и реквизит даты снятия учёта, то шалит Закрытие месяца. 
Идём в модуль менеджера этой обработки: 
        // Если    подразделение было снято с учета, тогда требуется выполнять актуализацию только до конца года с даты снятия учета.
        Если БухгалтерскийУчетПереопределяемый.ОбособленноеПодразделение(Организация) Тогда
            ДатаСнятияСУчета = Справочники.Организации.ДатаСнятияСУчета(Организация, ПределАктуализацииЗакрытияМесяца);
            Если ЗначениеЗаполнено(ДатаСнятияСУчета) И ПределАктуализацииЗакрытияМесяца > КонецГода(ДатаСнятияСУчета) Тогда
                ПределАктуализацииЗакрытияМесяца = КонецГода(ДатаСнятияСУчета);
            КонецЕсли;
        КонецЕсли;
Поставьте остановы в отладчике и гляньте что здесь творится. Почему пропускается в РС запись долей по закрытому подразделению? 
Будут записи - будет и Приложение 5. 
Не будет записей - не будет и Приложения 5.