Имеется документ продажи
Данные маркировки можно указать в расходном ордере и в документе реализации.
Где это делать корректнее?
Или в реализацию они должны как-то транслироваться из ордера?
Планируется загрузка кодов в ордер или реализацию с внешнего устройства.

емнип, сканируют в РО, затем переносятся в РТиУ

и как это должно работать при интеркампани ...

(2) спроси у своего архитектора

С маркировкой забудьте про мутные схемы интеркампани задним числом