Как правильнее?
идСинхронизируемыхОбъектов.Ссылка ССЫЛКА Документ.АвансовыйОтчет
или
ТИПЗНАЧЕНИЯ(идСинхронизируемыхОбъектов.Ссылка) = ТИП(Документ.АвансовыйОтчет)
Или скуль в одну конструкцию это превращает?

оба правильно, только первый неожиданно только для ссылок работает

емнп, то на стороне СУБД (ms sql точно) в запросе будет одинаковая конструкция.

На какой-то платформе давным-давно типзначения() в запросе вешал скуль. С тех пор стараюсь ССЫЛКА везде писать в запросах

а как же ошибка "Несовместимые типы "ССЫЛКА""?)

Если знать, где писать, то можно оба варианта, если писать не головой, а мышечной памятью, как я, то второй надежнее :)