Коллеги, уже не в одной базе сталкиваюсь с одной и той же проблемой - формирование "любимой" проводки 68.04.2/99.09 "Перенос сальдо счета 68.04.2"
Контроль в общей ОСВ показывает наличие ошибки на 90 счете = сумме НДС. С каких это пор НДС стал влиять на формирование данной проводки? Или это ошибка релиза?

Как раз-таки из-за подобных ошибок и формируется проводка 68.04.2/99.09, это ПБУ 18/02
Ошибка в контроле БУ и НУ,ПР,ВР.
Если примитивно: СуммаНУ по Кт счета 90.01, должна быть равна СуммаБУ по Кт счета 90.01 минус СуммаДт 90.03(НДС). У вас скорее всего это равенство нарушено вследствие ошибок в учете.