Я как понимаю , данные по стоимости списания из регистра СебестоимостьТоваров, транслироуется в РН.ВыручкаИСебестоимостьПродаж.
Не могу найти по коду, в каком месте это происходит ? (нужно немного кастыль сделать :)

в подписке на событие ищи, будет кусок с общего модуля
Обычно, там

Ну или стек вызовов погляди в отладчике

(2) стек смотрел, но там  тёмный лес..
Где именно происходит запрос к суммам из СебестоимостьТоваров, не могу понять

Никто не разбирался ?

разве это делается не регламентной операцией расчета себестоимости в закрытии месяца?

(5) да, но в компании есть упр. организация, на которую в основном закупки идут.
А продают по другой, официальной организации..
Из за это упр. себестоимость не считается ..
Я хотел просто отключить отбор по организации, чтобе себестоимость считалась в целом по компании

(6) диалог напоминает что-то такое:
- Для того чтобы пить чай, прежде его надо заварить
- Да, но сахара не было и мы хотим с эклерами