1С:Предприятие 8.3 (8.3.17.1851)
Управление производственным предприятием, редакция 1.3 (1.3.151.1)

Следующим кодом преношу движения БУ из документа ПогашениеСтоимости в Корректировку записей регистров:

КЗРОбъект =  Документы.КорректировкаЗаписейРегистров.СоздатьДокумент();
ЗаполнениеДокументов.ЗаполнитьШапкуДокумента(КЗРОбъект.ЭтотОбъект, ПараметрыСеанса.ТекущийПользователь);
КЗРОбъект.Дата = ПериодДвижений;
КЗРОбъект.УстановитьНовыйНомер();
КЗРОбъект.Комментарий = "Разнесение Погашения стоимости спецодежды";

новзап = КЗРОбъект.ТаблицаРегистровБухгалтерии.Добавить();              
новзап.Имя = "Хозрасчетный";
новзап.Представление = "Журнал проводок (бухгалтерский учет)";

КЗРОбъект.Записать();
КЗР = КЗРОбъект.Ссылка;

ДокПогОб = ДокументПогашения.ПолучитьОбъект();    
ДокПогОб.Движения.Хозрасчетный.Прочитать();

ДвиженияПогашенияБУ =  ДокПогОб.Движения.Хозрасчетный.Выгрузить();

КЗРОбъект.Движения.Хозрасчетный.Загрузить(ДвиженияПогашенияБУ);
КЗРОбъект.Движения.Хозрасчетный.Записать();
    
    
КЗРОбъект.Записать();
КЗР = КЗРОбъект.Ссылка;


По итогу - проводки из первоначального документа отличаются от проводок КЗР, в том числе и количеством.

Проводки первоначального документа:
https://sun9-50.userapi.com/impf/GcEC7Hm-o_7EgPN0y_GfJKadmS0mWA2Y9-ARrw/SJtAvmKbXqY.jpg?size=1434x582&quality=96&sign=1b2c66b367a49ec2250c7da0f335cdc8&type=album

Проводки в КЗР:
https://sun9-71.userapi.com/impf/5vbORhjMqp0FOvUfRg2kOUTBopzWXb6T67bK1Q/3N3oUFZcmto.jpg?size=1893x327&quality=96&sign=55eb414aeafaae79a0cdb8fc86b24182&type=album

Что может быть причиной такому?

(0) позырь отладчиком ДвиженияПогашенияБУ =  ДокПогОб.Движения.Хозрасчетный.Выгрузить();

(1) Отлаживал, таблица, ДвиженияПогашенияБУ соответствует движениям первоначального документа

(0) Разобрался! По какой-то причине при загрузке движений записи схлопываются по измерениям и реквизитам, хотя в изначальном документе они были в разных записях.
Проблема была в том, что при переносе проводок записи с отрицательными и положительнымисуммами мне нужно было видоизменить, и это схлопывание мне мешало. Решил изменением содержания проводки у записей с отрицательными суммами.