Есть внешний отчет. В свойствах "Хранилище вариантов" указано "ХранилищеВариантовОтчетов"
В настройках отчета делаю отборы и сохраняю вариант отчета с наименованием "С отборами"
Если переоткрыть или перевыбрать варианты настройки, то отборы пропадают.

Что еще забыл настроить во внешнем отчете?

(0) Модуль менеджера? ))

(1) Что модуль менеджера?

(2) Вот то-то и оно, его нет у внешнего отчета. Возможно, в новых версиях БСП появилась поддержка экспортных методов в модуле отчета, которые отвечают за работу с вариантами отчета, но я пока не изучал - не было необходимости.

А в отчетах в составе конфигурации за работу с вариантами отчета отвечают экспортные методы в модуле менеджера отчета.