Есть документ счёт. За несколько лет документов пусть 50000.
Нужно добавить в конфигурацию документ "Доставка", в котором будут реквизиты:
СлужбаДоставка
СтоимостьДоставки
ЗаказчикДоставки
и т.д.
Документы Доставка будут создаваться пользователем из созданного изначально счёта.

Я правильно понимаю, что взаимосвязь этих документов между собой правильно реализовать через добавление в документ Доставка ссылку на документ Счёт?
А не наоборот: в документ Счёт ссылку на Доставка

вообще как душе угодно, но принято да

Можно и регистр сведений замутить для связи ) ИМХО, вопрос странный.

(2) переодика в запросе в 7 работает криво

(0) зависит от того что чаще надо получать для отчетов и прочего
по доставке счет или по счету доставку

(0) Ну если 1 Счет = 1 Доставка, то да
А если 1 Доставка = Несколько счетов, то лучше наоборот

Да, 1 счёт-затем уже 1 доставка.
Да, 1й вариант более правильный, но нужно будет дополнительно контролировать, чтобы по счёту могла создаваться только одна доставка

(0) Я рекомендую сделать справочник "ИнформацияДоставки".
с реквизитами, размазанными по документам я уже наигрался - плохая идея..

(7) Доставка должна проводится по проводкам. В частности стоимость доставки