Не понимаю от чего завист

На одном компьютере данные разделяются по трекам, а на другом данных по трекам не выдается

От чего это зависит? От версии драйвера? От ридера?

(0) От настроек устройства.
Кстати сканеры программируются/настраиваются через специальные ШК а как настраивать ридеры карт?

(1)вроде как есть ПО

Нашел документацию на версию Атол 7... и там есть настройка разделять данные на треки. Где только теперь ее найдти