Много сотрудников, много лет, много правок в коде.
Что может поломаться при ручном вводе остатков отпусков прошлых лет?

Можно троллить, но рассчитываю получить и парочку дельных советов.

Ничего, если укажешь корректно дату исправления. Обрати внимание, что в ЗУП 2.5 дата исправления - дата начала рабочего года сотрудника, в отличии от ЗУП 3.1