Например загрузка из excel, номера столбцов (номер наименования, номер количества, номер суммы ндс ...)
номера могут меняться пользователем
как правильнее делать, создавать реквизит на каждый номер или как то еще?

сказать этому пользователю, что столбцы в неправильном порядке загружены не будут

1. Загружать, например, с помощью построителя отчета.
2. Запретить в эксель файле изменять строки с заголовком

(0) Реквизиты создавать. Подходов к заполнению может быть несколько.
1. Просто запоминать те значения, которые ввел юзер.
2. Сделать несколько пресетов и возможность быстрого переключения между ними. Удобно, если колонок много, а варианты известны заранее (например, разные поставщики и т.д.)
3. Делать некий анализ "а что это у нас тут такое в колонке, а на что это похоже" по названиям колонок, либо по данным в них. Вариант на любителя, т.к. всегда есть вероятность ошибки.

запретить нельзя, анализ и так делается, но пользователю дана возможность указывать вручную
некрасиво же https://i.imgur.com/1oCkuVq.png

Ну сделай табличную часть с реквизитами "Данные", "НомерКолонки"
Заполняй программно, запрети добавлять строки в ТЧ

(4) У меня такие реквизиты создаются программно на форме (плюс удобный список выбора), смысла пихать их в реквизиты обработки не вижу.
Если нужна передача в модуль объекта, то можно передать структурой.

(5) (6) а как быть с сохранением значений этих реквизитов пользователем? например, он вручную задает что у него номер колонки цены=13 и при открытии оно должно подставиться.

(7) Автоматическое сохранение значения программно созданного реквизита в настройках формы

(8) всем спасибо