В контуре для разработки удалил табличную часть документа, но она осталась в базе SQL с записями.
Делал ТИИ, добавлял новую ТЧ к этому же документу, новый документ, перезапускал сервер 1С и SQL, делал резервную копию средствами SQL, шринк.
Ничего не помогло. ПолучитьСтруктуруХраненияБазыДанных - такой таблицы нет, до удаления - она.

Платформа 8.3.17.1496 x64.
MSSQL 2019, учетка sa, база Simple

Проверил на MSSQL 2014 и платформе 8.3.16.1063 x64 - тоже самое.
Раньше не обращал внимания на данный момент, это ошибка платформы или со стороны SQL нужно выполнить какую-то команду?

Ну если она тебе так мешает, дропни на копии, проверь работу...

(1) Мне не мешает, просто уже сталкивался с ошибкой:
Ошибка SDBL: Ошибка обновления конфигурации базы данных. Для одного ссылочного кода существует более одной таблицы в базе данных.

Не хочу заниматься исправлением нечто подобного в будущем.

Я бы проверил реструктуризацию.

Таблица удаляется в конце процесса реструктуризации, когда ты жмешь на кнопку "Принять". Если таблица не удалилась - это АХТУНГ.
(2) Не сталкивался ни разу.

(3), (4) БД обновлял, полное ТИИ делал.

(5) Регистры сведений удаляются нормально.