Есть 30-40 баз БП 2.0
Изменения проводились не систематизировано (то есть изменения в Базе 1 могут быть не равны изменениям в Базе 2).
Есть ли методика создания из этого "зоопарка" универсальной ("эталонной") конфигурации, включающей в себя все (все непересекающиеся, хотя бы) изменения из всех баз?

Я понимаю, что вопрос довольно дурацкий (к примеру, а базе 1 написано "а = 2", а в базе 2 "а = 3" - ну никак, кроме как рукой выбрать, чему "а" будет равно, не получится).
Возможно - получить список изменений из каждой из баз?
А как? Выгрузить конфигурацию в файлы и сравнить с конфигурацией поставщика и потом - между собой?
Или есть более правильный/удобный способ?

Увы, документацию по изменениям - не вели.
И тех, кто вносил изменения - сейчас уже не найти.

Цели в "стандартизации" - (минимум) три:
1. Создание единого центра разработки/доработки.
2. Упростить работу по загрузке (по единым правилам) данных из внешних программ (в частности - из StoreHouse).
3. Получение сводной информации (опять же - сформированной по единым правилам) по группе компаний
Объединять базы пока не планируется.

Буду признателен за подсказки, советы.

Могу подсказать только одно, забейте на эти БП2 и переходите на БП3

1. в типовой заводишь константу "Версия базы"
2. через сравнение и первой доработаной вставляешь куски кода и обрамляешь их кодом
Если Константа.ВерсияКода.Получить() = "База Лютик" Тогда
  // тут код базы лютик

3. по аналогии накатываешь остальные

Так то да можно выгрузить конфы автоматически в файлы, затем натравить некую сравнялку и получить список отличий.
Далее все что отличается от типовой вручную глазками и строить "модель доработок".

Короче задолбаетесь. Причем могут быть как полезные и используемые доработки так и полная ненужная хрень.

(3) я соединял 4 разных версии по технологии (2) в оду базу, получилось вполне сносно, а уже после соединения можно что-то "выключать" и плавно приводить к типовой

Задача сама по себе простая - надо сравнить 41 (40 баз + конфигурация поставщика) дерево  между собой и получить отчет. Сложность в том что качественных открытых парсеров нет, качественных реализаций хранения деревьев нет, качественных разборщиков форматов форм/табличных документов/etc нет.
Таким образом -на данном периоде развития 1С - не реализуемая на полном автомате.

Но, сама по себе - задача конечно интересная.

Если объем наработок небольшой и чисто интерфейсный - то долго, но возможно.
Если большой - типо самопального производства в одной конфе, в другой какое нибудь управление недвижимостью и ТД то дорого и долго.
Я бы наверное залил конфу поставщика в гит.
и разными ветвями все 40 конф и провел анализ и аудит изменений.
В любом случае анализ 1 конфы не менее 2х дней.

А потом еще надо аудит понаписанного, зуб даю - половина изменений или не актуальна или заказчик хочет что бы они работали по другому.

Хм... Из зоопарка костылей создать универсальный костыль... И это всё на конфе регламентированного учета. Замути переход на 3.0, большинство из старых костылей сами отвалятся. Ну и это, а что мешает вести учет в одной базе?

(0) Может быть не стоит создавать одну общую Конфу?
Может быть стоит по видам деятельности или по отраслям выделить 2-3 или 4 конф?