Вот смотрю я "мессадж" - сначала в нем правила, а потом данные.
Откуда там правила берутся? Это загруженные в синхронизацию?
я смотрю правила - которые доступны в синхронизации - там нет
<Правило>
            <Код>СправкиБЕГАИС</Код>
            <НеЗамещать>true</НеЗамещать>
            <ПродолжитьПоискПоПолямПоискаЕслиПоИдентификаторуНеНашли>true</ПродолжитьПоискПоПолямПоискаЕслиПоИдентификаторуНеНашли>
            <Источник>СправочникСсылка.СправкиБЕГАИС</Источник>
            <Приемник>СправочникСсылка.СправкиБЕГАИС</Приемник>

А в мессадже - есть! Как это понимать? Откуда они??

Пока не будет озвучена конфигурация и план обмена - все советы на уровне интуиции: вероятно это правила конвертации "по умолчанию" - те, которые в конфигурации "вшиты" в план обмена.