1.
Выбрать А.Кол, Б.Кол
ИЗ Документ.Док.ТЧ1 КАК А
  ПОЛНОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.Док.ТЧ2 КАК Б
    ПО А.Ссылка = &Ссылка И Б.Ссылка = &Ссылка

2.
Выбрать А.Кол, Б.Кол
ИЗ Документ.Док.ТЧ1 КАК А
  ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.Док.ТЧ2 КАК Б
    ПО А.Ссылка = Б.Ссылка
ГДЕ А.Ссылка = &Ссылка

Всё норм с этими запросами? Или можно лучше?

Результат у этих запросов будет разным. Поэтому правильного ответа на поставленный вопрос нет.
Правильным будет тот, который выдаст правильный результат.

(7) Вопрос про отбор по Ссылке и индексы скорее.

Вопросы о сферических конях в вакууме не имеют никакого практического смысла. В каждом конкретном случае правильный ответ будет разным. Общего идеального решения не существует. Можно ли учитывать рекомендации типа (9), но опять таки их применимость будет зависеть от конкретного случая.