Если я проверяю в коде "Документы" - там менеджер всех документов, нужный документ там есть. Но код "Документы.ТипВсеСсылки()" возвращает типы, среди которых нет моего документа.

Документ добавлял я сам перетаскиванием его из другой конфы.

Что не так с этим документов, что результат кода "Документы.ТипВсеСсылки()" не содержит моего документа?

кеш уже чистил? ))

(1) та база с этой конфой уже месяц работает)

(2) да, за это время кеш чистился

Попробуй тупо ))
Выгрузи в дт, загрузи в новую базу.
Если не поможет - пиши баг в 1с.