8.3 УТ 11 РИБ.
Где хранятся ссылки на помеченные на удаление (удаленные) объекты для миграции. В регистрации изменений я их не вижу.

Этот инструмент должен помочь исследователю
http://devtool1c.ucoz.ru/index/redaktor_izmenenij_na_uzle/0-30

и чем она отличается от штатной?

ладно, пойдем другим путем

(2) Тем, что показывает полное содержимое таблиц изменений.

(4) А простой селект для этой цели не поможет? ))

(5) Поможет. Однако обычно нужно несколько таблиц изменений смотреть и видеть общую картину по узлу/узлам.