Есть настроенная синхронизация ЗУП3-БП3, синхронизируют бухи руками 10 числа предыдущий месяц. Довольно часто стала встречаться ситуация, когда из кучи документов выплат ЗП выгружаются не все. Причем, если попытаться выгрузить эти документы, добавив их в выборочной синхронизации, то все равно они не выгружаются. Стал разбираться, попытался руками зарегистрировать изменения, но именно на проблемные доки выдается "зарегистрировано 0 изменений из 1 на узле бп 3.0", и в регистрацию документ не добавляется, а соседний с той же датой - прекрасно добавляется. Интересно, разбирался ли кто-нибудь с причиной подобного поведения, и как это лечить?

у меня такого нет, поэтому о какой причине идет речь?

бывает коллизии когда один и тот же документ меняют в зуп и бп, а потом у них программа виновата

Это не коллизия. Никто не менял документ в БП, поскольку туда он не выгружается.

(3) А я и не говорю что это она. Это не косяк типовой, а косяк в вашем учете.
К примеру в документе одна организация, а подразделения от другой, которая не выгружается (привет любителям копировать). Короче отладчик в зубы и вперед на амбразуры. Никто, без ваших данных, не скажет причину такого нестандартного поведения программы

(4) там четыре реквизита, и одна табличная часть. а по поводу "не косяк типовой" - ты, я смотрю, оптимист, или мало сабжевых синхронизаций настраивал

(5) Ну не знаю, а сколько нужно?

С 2006 года настраиваю. с начало было БП1.5 и  ЗУП 2.5, потом БП доросла до БП 3.0 и обмен с ЗУП 2.5. Параллельно был обмен с ЗУП 3.0
Сейчас осталось 3 отдельных базы ЗУП 3.1, которая обменивается с БП. В одной 1 фирма, в другой 4 фирмы, и в третей 12 фирм.
Проблем описанных в сабже не наблюдал. Ни кадровики, ни бухи не жаловались что что-то не выгрузилось. В основном это или коллизия или проблемы копирования/переименования, когда в документе присутствую реквизиты другой фирмы и RLS не дает буху смотреть документы по "своей" фирме