ВЫБРАТЬ
    ТоварыНаСкладахОстатки.Организация КАК Организация,
    ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ТоварыНаСкладахОстатки.ВНаличииОстаток КАК ОстатокКоличество
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(
            КОНЕЦПЕРИОДА(&Дата, ДЕНЬ),
            Организация = &Организация
                И Номенклатура = &Номенклатура) КАК ТоварыНаСкладахОстатки
ИТОГИ
    МАКСИМУМ(ОстатокКоличество)
ПО
    Организация

Подскажите, пожалуйста, как нужно организовать запрос, чтобы получить максимум по Организации, а общий итог сумму максимальных значений по Организациям?

Если просто включить общие итоги, то берется максимум по всем организациям.

В коде переборку не прделагать?

Вам, наверное, нужна номенклатура с максимальным остатком, а это совсем не так делается.

(3) , а как?

Запрос немного сложнее. Этот пример, чтобы понять сам принцип, как надо делатьправильно

Подозреваю, что это нужно делать в СКД

(5)Ну, если это не тот запрос, тогда группировка по максимум и итоги по сумме.

Если необходимо увидеть макс значения в разрезе организация/номенклатура, то начало верное. Если макс остаток должен считаться только по организации то номенклатуру необходимо убрать из полей запроса.

ВЫБРАТЬ
    ТоварыНаСкладахОстатки.Организация КАК Организация,
    ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ТоварыНаСкладахОстатки.ВНаличииОстаток КАК ОстатокКоличество,
    Резерв.КоличествоОстаток КАК РезервКоличество
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки(
            КОНЕЦПЕРИОДА(&Дата, ДЕНЬ),
            Организация = &Организация
                И Номенклатура= &Номенклатура) КАК ТоварыНаСкладахОстатки
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.Резерв.Остатки КАК РезервОстатки
        ПО ТоварыНаСкладахОстатки.Организация = Резерв.Учреждение
            И ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура = Резерв.Номенклатура
ИТОГИ
    МАКСИМУМ(РезервКоличество)
ПО
    Организация,
    Номенклатура

Вот целиком запрос. Запрос для отчета на СКД.

Не итоги а группировка.
И в СКД на поле ресурсы используете формулу Сумма, того поля которое вы определили как Максимум.

(9)Если запрос для СКД, то не надо в запросе никаких итогов корячить, в СКД ресурсы можно расчитывать по каждой группировке отдельно.

(9) в скд ИТОГИ не делают