Здравствуйте.

Такая ситуация происходит при синхронизации данных. Даже если документ у меня открыт и я его изменил и сохранил, все равно синхронизация перезаписывает его.

Может есть какая-нибудь настройка, при которой при обмене заблокированные объекты не изменяются?

нет таковой ибо не имеет смысла

есть настройка в правилах обмена что-то типа "Не заменять значение в базе приемнике" но настройки в синхронизации, да еще и только по заблокированным в данный момент объектам, нет... ибо эт глупость

Есть опция в синхронизации "Автоматическое разрешение конфликтов", и конфликты разрешаются в пользу центрального узла. Можно ли настроить так, чтобы они разрешались в пользу подчиненного?