Возможно через историю хранилище понять в какой момент и кто снял конфигурацию с поддержки?

только по косвенным признакам - захватить корень, затем заменить его в хранилище на версию с новым составом... и должна быть захвачена вся конфигурация в монопольное пользование.

(1) Правильно понимаю, что нужно смотреть историю корня?

И при этом должен быть коммит всех объектов конфигурации?

Можно смоделировать весь этот процесс и увидеть, что именно попадет в хранилище. Взять базу на поддержке, создать ей хранилище, а уже в подключенном состоянии снять ее с поддержки и записать в хранилище.

(3) Ок, завтра проверим. Спасибо!

съем с поддержки не логируется. Только по журналу транзакций можно получить момент, когда это было сделано. Но это надо уметь и знать, что делаешь.