Конфигурация подчиненной инфобазы (ну, на самом деле вся "единая" конфигурация) обычно дописывается так, чтобы в подчиненном узле при наличии сообщения о необходимости обновить конфигурацию БД она запустила скрипт и сама себя обновила
Я бы посоветовал автору посмотреть ЖР. А то вдруг там запись лежит, которую автор игнорирует :)
"...Из главного узла распределенной информационной базы получены изменения конфигурации.
Необходимо выполнить обновление конфигурации базы данных.
Обновление может быть выполнено в режиме Конфигуратор."
Пользователь не знает, чего он хочет, пока не увидит то, что он получил. Эдвард Йодан