Конфигурация на основе БСП. В главном меню есть раздел "Главное".
Не могу найти подсистему, соответствующую этому разделу меню.

И не найдете, потому что это не подсистема

А как добавить туда что-либо? Или вообще убрать? А то есть раздел "главное", пустой, сделать с ним ничего нельзя, и это некрасиво.

ПКМ на корне конфигурации, дальше поищи сам

(3) есть Командный интерфейс основного раздела, но он почему-то ридонли :(

Покажи на картинке.