При обновлении доработанной конфигурации в окне сравнения, объединения в основной конфигурации у одного документа есть добавленные 2 реквизита. а у поставщика они также добавлены(имена идентичные), собственно, как произвести объединение, оставить реквизиты из основной конфигурации или же наоборот, затереть их и взять из поставщика?

Бери из поставщика конечно, а то потом опять оно будет

А в этом месте нужно подумать (с)
Если формат реквизитов такой же, то бери из конфигурации поставщика, иначе думай головой как объединить.

И никто не подумал о логике работы с этими реквизитами.
Прог в конторе ляпнул два реквизита и прописал логику их заполнения.
Проги в 1С то же подумали что нужны реквизиты с такими же именами и написали свою логику их заполнения. Могли ее вообще в обработки подписок на события перед записью объекта впихнуть. А еще и в отчетах или в печатных формах использовать. А еще могли в процедуре обновления прописать заполнение этих реквизитов.
Да нам то что... "х..ак,х..ак и в продакшн".
Ждем ветку с вопросом "почему, после обновления, добавленные мной реквизиты поменяли значения и как их восстановить если нет бекапа"

(3) Конечно ждем новую ветку. Только хз что ты этим хотел сказать )

(0) Реквизиты содержат одни и теже данные? Или название одно, но используются для разных целей? Если нужны оба, то просто переименуй собственные и подправь обращения в коде.

ИМХО
я дико извиняюсь но если взять Реквизиты от поставщика, то данные которые были введены в самоделкины реквизиты могут быть потеряны несмотря на их идентичность. Потому что Реквизиты могут быть идентичны но только вот хранится обрабатываться и т.д. они могут по разному.

(4) в (6) перевод того, что сказано в (3)

Префиксы в своей конфе ставить же надо у добавляемых реквизитов.

(7) А, ну это-то и без перевода было ясно, ведь Я написал "Конечно, ждем"...

Префиксы не всегда спасают,особенно,если,например,конфигурации поставщика две
опять же,если в реквизитах одинаковые данные,то наличие двух реквизитов с префиксом или без не сильно улучшит ситуацию

Не тормозите :)

По какой-то причине, неизвестной автору, платформа не произвела соответствие этих метаданных между собой. Это можно сделать "вручную" на этапе объединения конфигураций.