Допустим есть Розница, нужно настроить обмен в две разные УТ11, причем правила регистрации должны быть разные. Получается на одном плане обмена два разных узла. Назначить разным узлам разные правила не получится, насколько я понимаю. Но как хотя бы в правилах регистрации указать, что для одного узла этот документ нужно регистрировать, а для другого - нет.

Хранить в реквизитах / ТЧ узла значения (например, организации / склады), применяемые при фильтрации

Либо булевый реквизит узла. А в правилах регистрации проверять Если Узел.МойФлажок ...

(2) А как в правилах регистрации взять ссылку на Узел, что-то я в описании обработчиков такой переменной не вижу

(3) Это прямо в форме ПРО настраивается, раздел "Отбор по свойствам плана обмена"

(4) Как мне в ПРО написать что-то типа такого:
Если Узел.Наименование = "УТ_1" Тогда
  Если Объект.Контрагент.Наименование <> "Вася" Тогда
    Отказ = Истина;
  КонецЕсли;
КонецЕсли;

(5) Пригласи специалиста, раз тебе мои ответы не помогли...