Есть товары, у них есть группы товаров (отдельный справочник, так и называется), у групп товаров - иерархия групп и элементов. В товарах соответственно реквизит, это элемент. Есть регистр, метраж - там реквизит группа товаров, и количество - количество кв.м на данную группу товара.

В отчет выводятся продажи по группам (только иерархия, соответственно попадают только группы)

Как соединить группы товаров(элементы), с группами в метраже(группы)?

(0) Честно говоря, мало что понятно из описания исходных данных. Попробую понятным (хотя бы для себя) языком описать:
Имеется два справочника - Товары и ГруппыТоваров. Справочник Товары - без иерархии, справочник ГруппыТоваров - иерархический. В справочнике Товары имеется реквизит - ссылка на элемент справочника ГруппыТоваров, по которому можно определить принадлежность Товара к ГруппеТоваров. Так?

(1) Да
Проще говоря, иерархия в СКД, она виртуальная, реально выводятся элементы справочника группы товаров (именно они в справочнике номенклатуры), а СКД, уже дополняет их иерархией, так вопрос в том как к этой иерархии сделать соединение?