При расчете себестоимости не закрываются затраты перенесенные на другие затраты.

Но если удалить "Определение продукции, исключаемой из базы распределения" - то закрывается все нормально.

Где это может вылезти?

(0) Если затраты закрылись как нужно (и производственные, и общепроизводственные), то нигде больше.

"то нигде больше"... Имхо, "может вылезти" при пересчете себестоимости предыдущих периодов задним числом.

(2) Каким образом, если перепроведется именно этот документ именно с таким же набором операций?

Если у вас в НЗП остаются затраты и вы не хотите их распределять на выпуск некоторых видов номенклатуры, то может они и должны были остаться, а то получится заниженная стоимость.

(4) Они как раз хотят.

Да, но бывает чаще, что левая задняя, не знает что хочет правая передняя.

(4) Остаются затраты которые по идеи должны распределится.

(6) Увы, увы ... Горькая реальность.