День добрый.

При оформлении счет-фактуры на аванс сумма НДС одна.
При реализации, в с-ф сумма НДС отличается на 1 копейку.

Предполагаю, из-за того что расчет суммы НДС в каждой с-ф ведется по-разному:
- в с-ф на аванс - с итоговой суммы
- в с-ф на реализацию - с каждой позиции, построчно

Что сделать, чтобы сумма НДС была одна?

зачем?
при реализации зачтется СуммаНДС по авансовому СЧФ, и к уплате в бюджет пойдет суммаНДС по счф отгрузки. Ошибок нет.