ИП на Упрощенке собирается работать по 54-ФЗ.

Какая ставка НДС должна печататься в чеке?

по разному

может быть  и без НДс, может быть и 18%, может и 10%. Это нужно у вашего бухгалтера спрашивать

А до этого он не работал ? Или наличку в чёрную принимал?

Только начинают, в карточках товара будет Без НДС

(4) Товар чей будет, собственный (т.е. купили по договору купли-продажи) или комиссионный (т.е. взяли на реализацию)?

(4) указание ндс в карточке товара ничего не значит.
карточка товара не является исчисляемой сделкой и для налоговых органов интереса не представляет - можете туда хоть пусика нариовать.

Товар будет собственный, а для чего тогда замутили НДС в 54-ФЗ?

(7) А кто его мутил? Он там всю жизнь был и в прошлой редакции и позапрошлой и 10 и 20 лет назад в чеке печатали ставку и сумму НДС. Ты о чём?