В запросе не суммируются одинаковые строки.
так и идут подряд 2 номенклатуры, я уже и цену суммирую.


ВЫБРАТЬ
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка КАК Ссылка,
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.Контрагент КАК Контрагент,
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Номенклатура КАК Номенклатура,
    СУММА(ПоступлениеТоваровУслугТовары.Количество) КАК Количество,
    СУММА(ПоступлениеТоваровУслугТовары.Цена) КАК Цена,
    СУММА(ПоступлениеТоваровУслугТовары.Сумма) КАК Сумма
ИЗ
    Документ.ПоступлениеТоваровУслуг.Товары КАК ПоступлениеТоваровУслугТовары
ГДЕ
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.ПометкаУдаления <> ИСТИНА
    И ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.Дата МЕЖДУ &НачДата И &КонДата
    И ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.Контрагент = &Контрагент

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Номенклатура,
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка,
    ПоступлениеТоваровУслугТовары.Ссылка.Контрагент

это разные номенклатуры

(1) одна и таже, тот же документ, контрагент.
открывал, код один и тот же.

(2+) В тч документа разные количества, цена, сумма

(0) Убери везде ".Ссылка."

(2) чудес не бывает - значения группировок разные

(0) В список полей добавь поле документа.