Строю запрос из отчета на СКД в консоли и конфигураторе, данные выбираются за 1 секунду, а в самом отчете минут 10.
Но даже не в этом дело, в отчете СКД он каким-то чудом берет зачем-то и складывает две последние колонки (ресурсы), причем складывает в левую колонку, а в правой становится пусто.
Что это за чудо природы или я что-то не так делаю?

Создай новый, закопируй туда свой запрос. Ну или ищи где "насчелкал". Отсюда не видно.

(0) Сохрани схему из СКД и посмотри, что там оптимизатор наоптимизировал.

Если отчёт создавался копированием, то у него id остался старый и настройки цепляются к нему старые. Мало ли что там в них было.

что-то не так делаешь