Описываю симптомы:
1. При попытке подключиться к хранилищу из пустой базы выходит сообщение http://ximage.ru/data/imgs/1470992055.jpg
2. При попытке обновить конфигурацию из хранилища или открыть хранилище из под уже подключенного пользователя http://ximage.ru/data/imgs/1470992266.jpg
3. При попытке залезть в Администрирование http://ximage.ru/data/imgs/1470992466.jpg
4. При попытке захватить объект в хранилище выходит внизу надпись что якобы пытается захватить, но при этом ничего не происходит http://ximage.ru/data/imgs/1470992765.jpg
5. ЕДИНСТВЕННОЕ, что работает это история хранилища и изменения по объектам из под уже подключенного пользователя отследить можно.

Как вернуть хранилище в работоспособное состояние? Чего может не хватать?

Заново создавай

+(1) +100. Проще заново создать, чем пытаться реанимировать.

(1) (2) Этот вариант - самый крайний. Если разорвать историю, то искать концы при инцидентах будет трудно.

Бэкапы хранилища не делались?

(3) chdbfl.exe  на хранилище натравливал?

(3) во-во, бэкапы надо делать.

(5) запустил

(7) .CD у тебя случайно не больше 4 ГБ?

(8) cd - 509 МБ, папка дата - 3.12ГБ

(3) " Если разорвать историю, то искать концы при инцидентах будет трудно"

в первый раз вижу такой склочный отдел автоматизации.

(10) цель не запустить склоки, просто в случае чего надо знать откуда ошибка выросла.

(11) И какой в этом смысл? Если ошибка выявлена, её надо исправлять, а не искать виноватых.

проверьте Tool 1CD

(12) Не виноватых, а проблему, которая решалась и породила ошибку - по коду это, поверьте мне, можно найти далеко не всегда. Надо исправить так чтобы ни то, ни другое не сломать.

(0) вы так и сказали есть бекапы или нет.

(14) По опыту могу сказать, что искать концы по истории хранилища гораздо сложнее и более трудоёмко (особенно если большая конфигурация с которой работает много разработчиков). По мне так проще комментарии использовать.