ФормаНастроек = ПолучитьФорму("ВнешняяОбработка.new.Форма.ФормаНастройки",,ЭтаФорма);
ФормаНастроек.Открыть();
ФормаНастроек.Активизировать();

Не работает

УФ?

если это в каком-то обработчике, в котором есть СтандартнаяОбработка - то её надо выставить в ложь.

например переход по навигационной ссылке, есть еще коллекция с окнами. Да и твой способ должен активировать, если не открыты другие модальные окна