Помогите, пожалуйста, узнать, кто из пользователей поставил пометку об удалении документа. Через журнал регистрации пока не могу найти.

Тут вариантов поиска то не много:
Журнал регистрации
Версионирование объектов, если включено, если соответствующий ПП
Своя система логирования, если внедрена
Терморектальный криптоанализатор.

Ищите дальше

Вроде не будет надписи "пометка удаления", там будет "Данные записаны" типа так...

Данные изменение

Ну это все в Журнале регистрации. А другие способы есть?

(5) ПодпискаНаСобытия.ПередЗаписью
Если Объект.ПометкаУдаления=Истина И Объект.Ссылка.ПометкаУдаления=Ложь Тогда
ТекстСообщения="Пользователь "+ПараметрыСеанса.ТекущийПользователь+" пометил на удаление "+Объект+" ЦУ...КО";
ОтправитьСМС(Константы.НомерАдмина.Получить(),ТекстСообщения);
КонецЕсли