Добрый день.
Необходимо оповещать в виде предупреждения/сообщения ответственного пользователя, когда руководитель создает и сохраняет в базе определенный документ. Подскажите пожалуйста, как реализовать данный механизм?

смотри как задачи сделаны в типовых

Пишешь в регистр сведений оповещение, а на втором клиенте периодически шерстишь регистр по расписанию

Но сразу подумай, какой прок от этого оповещения, если у пользователя зависнет база или взорвется ПК.
Поэтому сразу добавь проставление признака, что сообщение прочитано (выставлять только по ручному действию пользователя - ставит галку или сам факт открытия им оповещения из окна со списком оповещений)

Для примера - прячущееся окошко с кол-вом уведомлений
https://www.dropbox.com/s/6w5gngvbm3cuoy1/Скриншот%202016-03-24%2011.23.05.png?dl=0