Хочется сделать так, чтобы определенным пользователям были видны только определенные базы данных в списке ИБ.
Пользователей Овер 200. Руками бегать извольте.
Сейчас использую общий список баз. И соответственно все видят все.
Есть сервер 2008.

Используйте группы пользователей.
Я еще использую банальные права.
Т.е у меня к примеру 200 файловых баз - для каждой базы прописаны права на чтение и запись для определенной группы пользователей.
В результате некоторые пользователи банально не видят файловые базы в папке, и не могут прописать к ним путь в 1с.

Т.е централизованно работайте либо с файлом .v8i, либо с правами на чтение и запись в системе.

Вот к примеру одна из реализаций - http://habrahabr.ru/post/179405/

И в догонку - не могу найти - где описан параметр
http://screencast.com/t/X7NCVx61
Чтобы у всех был включен.
1CEStart.cfg молчит по этому поводу.

(4) Это не параметр, а настройка интерфейса конкретного пользователя.
Не думаю что эту галку можно централизованно выставлять.
Может в реестре хранится, может где в юзерпрофиле.

Ну и опять же есть куча сторонних стартеров с преферансом и танцовщицами.