Усть УФ с табличной частью отражающую Объект.ТабличнаяЧасть
Через ЭлементыФормы.ТабличнаяЧасть.ВыделенныеСтроки нахожу список (номера) выделенных строк и хочу что-то сделать с этими строками, например, заменить значение какого-нибудь поля. Если до этого Табличное поле не меняло порядок (например сортировка), то без проблем: Объект.ТабличноеЧасть[<Номер выделенной строки из ЭлементыФормы.ТабличнаяЧасть.ВыделенныеСтроки>].Поле = НовоеЗначение.
Но если, до этого с элементом формы проводили какие-то преобразования, то номера строк Объекта.ТабличнаяЧасть и ЭлементыФормы.ТабличнаяЧасть не совпадают! Как найти нужную строку в объекте?

НайтиПоИдентификатору

Как это? На сколько я понимаю Массив ЭлементыФормы.ТабличнаяЧасть.ВыделенныеСтроки дает только номера строк.

(2) Это не номера строк. Это идентификаторы.
Читайте СП уже наконец.