В июле откорректировалась июньская зарплата
в базу фсс берет июльскую отрицательную сумму
в базу пфр не берет отрицательные сумма
но заполняет раздел 4 на нее

должна ли сходиться база пфр и фсс?

(0)  если Ваш ФСС согласится на корректировку, то можете конечно ее сдать... но вообще - это допустимое расхождение, а главное объяснимое расхождение

дело в том что при перезаполнение ФСС все равно база остается прежняя

(2) а причем здесь перезаполнение? ФСС налог не персонифицированный, поэтому там реально должна быть база*налог. программу не мучают проблемы ПФР с отрицательной базой. так что если решите менять, то только вручную