Подскажите, какие могут возникнуть проблемы при переходе со следующего года на общую систему налогообложения с ЕСХН, ведь старые документы надо будет вводить по-старому, а новые с января уже по-новому.

ЕСХН - это что?

Единый сельскохозяйственный налог

Очередная замануха "НЕ является плательщиком НДС", ну ну...
а заранее посчитать сколько НДС переплачивать придется не пробовали?

не поняла про замануху. Мне надо знать, будут ли какие-то проблемы при переходе с ЕСХН на обший режим. При общем режиме есть НДС. Остальное про заманухи мне не важно, это пусть делают как хотят.

Мне считать сколько переплатят не требуется

надо знать с точки зрения работы конфигурации

(6) Какой конфигурации? В УПП все указывается в учетной политике, ее хоть каждый год меняй

В УПП/УП erp таких букв не встречал. Может конфигурация специализированная (на базе УПП/УП erp) или самописная?