При выгрузке ТН Создаётся новая номенклатура, а не должна. Должна браться имеющаяся. Смотрю Соответствие объектов для обмена, там указано 2 соответствия. В БП узнаю ссылку вновь созданного элемента (чтобы убрать её из соответствия в УТ, но она не совпадает со ссылками из УТ

ссылка вида
{"#",e18d5670-dd2f-4528-8897-d3f07ca77f21,62:8402dc0ea1cd7bcf11e429adac171af9}

Почему же создаётся новый элемент?

https://gyazo.com/ac2a67f2214ae71e0b3c6eeb34b568e5

поставь "не создавать элемент если он не найден" проверь поля поиска

(1) Вопрос как бы скорее почему он его не нашёл. И почему тот, который он создал не совпадает по ссылке с Соответствием из ут.

Ссылку в БП узнаю так
НоменклатураСсылка = Справочники.Номенклатура.НайтиПоКоду("УТ000007926");
Если НЕ НоменклатураСсылка.Пустая() Тогда
   Сообщить("ссылка = " + ЗначениеВСтрокуВнутр(НоменклатураСсылка.УникальныйИдентификатор()));
КонецЕсли;

То есть в УТ для элемента в Регистре Соответствие объектов для обмена для этой Ном-ры указана ссылка. Как ещё в БП узнать чему она соответствует? Т.е. какой номенклатуре из БП?

Строки ссылки из РС (кажется, часть после запятой) преобразовать в ГУИД. Вроде, встречал, как это делается.
Если посмотреть на ГУИДы в БП и на строки в РС (для "правильных" товаров), то можно сообразить как.