Обновляю базу. После обновления запускается обработка.
Если в файловом варианте, то все проходит нормально. А если в клиент-серверном, то пишет ошибки. Судя по журналу регистрации задание запускается от пользователя "не найден".
Из-за чего это может быть?

(0) А ошибки какие?

Ошибки такого вида:

Не удалось заполнить вид операции платежного поручения "Платежное поручение 00000001344 от 07.10.2014 11:42:38" по причине:
{ОбщийМодуль.ОбновлениеИнформационнойБазы.Модуль(182)}: Ошибка при вызове метода контекста (Записать)
    Данные.Записать();
по причине:
Ошибка при выполнении обработчика - 'ПередЗаписью'
по причине:
{ОбщийМодуль.ПользователиСлужебный.Модуль(353)}: Авторизация не выполнена. Работа системы будет завершена.
Пользователь: <Не указан> не найден в справочнике "Пользователи".

При попытке добавления пользователя в справочник возникла ошибка:
"Ошибка при вызове метода контекста (Записать)".

Обратитесь к администратору.
    Данные.Записать();

(2)[ОбщийМодуль.ОбновлениеИнформационнойБазы.Модуль(182)]
не обновил до конца

(3) в смысле?

я так понимаю, что фоновое задание выполняется не от текущего пользователя.
И не пойму где это исправить.

Проблема решена.
Воспользовался обработкой "Регламентные и фоновые задания", установил пользователя для отложенного обновления ИБ.