Не пойму где настраивается формат выводимых значений в отчеты. Стандартная база БП, в любом отчете числа выводятся без разделителей тысяч:

1000000,00 вместо 1 000 000,00 не пойму что и где на это влияет?

Не трогай ничеего
Это правильный формат

(1) Что значит правильный?

Давай перефразирую. Данные выводятся в неудобном для чтении формате, например в оборотке за период все числа отображаются в следующем формате

5102500,00 а хотелось бы (да и во всех конфигурациях так по умолчанию) что бы это число выглядело так: 5 102 500,00