Здравствуйте, уважаемые!
В КД после выгрузки объекта есть такие строки;

Если Объект.ПометкаУдаления=Истина Тогда
    СсылкаНаУдаляемыйОбъект = Объект.Ссылка;
    ТипПриемникаУдаляемогоОбъекта = "ДокументСсылка.РеализацияТоваровУслуг";
    Выполнить(Алгоритмы.ЗаписатьУдалениеОбъектаВФайл);
    
    ТипПриемникаУдаляемогоОбъекта = "ДокументСсылка.КорректировкаДолга";
    Выполнить(Алгоритмы.ЗаписатьУдалениеОбъектаВФайл);
    
    ТипПриемникаУдаляемогоОбъекта = "ДокументСсылка.СчетФактураВыданный";
    Выполнить(Алгоритмы.ЗаписатьУдалениеОбъектаВФайл);    
КонецЕсли;

При этом в файл выгружается только одно удаление для РеализацияТоваровУслуг. Не могу понять почему. Помогите!

Главное - в алгоритм не смотреть.

Алгоритм из типовой. Ничего не менял.

// Создается узел удаляемого объекта

УникальныйИдентификатор = СсылкаНаУдаляемыйОбъект.УникальныйИдентификатор();

Приемник = СоздатьУзел("УдалениеОбъекта");

УстановитьАтрибут(Приемник, "ТипПриемника", ТипПриемникаУдаляемогоОбъекта);
УстановитьАтрибут(Приемник, "ТипИсточника", Строка(ТипЗнч(СсылкаНаУдаляемыйОбъект)));

УстановитьАтрибут(Приемник, "УникальныйИдентификатор", УникальныйИдентификатор);

Приемник.ЗаписатьКонецЭлемента(); // УдалениеОбъекта

ЗаписатьВФайл(Приемник);

Инкремент(ПолеСчетчикВыгруженныхОбъектов);

(0) это обработчик ПКО или обработчик на уровне самой конвертации?

Хотя судя по коду, это обработчик самого ПКО, в нем явно прописан тип документа.

По фотографии непонятно, что лечить, может у тебя реально один объект удален.

это в правилах выгрузки данных для ОтчетКомитенту в обработчике "После выгрузки"

да, удален один объект, но т.к. на основании одного объекта создаются три, то и удалить нужно тоже три.