Запрос работает, НО возникла одна проблема, оооооооочень догло обрабатывается такой запрос. Например, к оборотам обращение мгновенное.

Может что в коде не так:
Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Регистратор,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СчетДт,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоДт1,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоДт2,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоДт3,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СчетКт,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоКт1,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоКт2,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоКт3,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Сумма,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.КоличествоДт,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.КоличествоКт,
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Содержание
                   |ИЗ
                   |    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ДвиженияССубконто КАК ХозрасчетныйДвиженияССубконто
                   |ГДЕ
                   |    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоКт1 = &Материал
                   |    И ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СчетДт В(&Счет)
                   |    И ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СчетКт В(&КорСчет)
                   |    И ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Период МЕЖДУ &НачПериода И &КонПериода
                   |    И ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Активность = ИСТИНА
                   |    И ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Сумма <> 0";

Можно...

Не плоди ветки, там и пиши Помогите разобраться  с запросом и регистрами бухгалтерии

да, для начала открой для себя параметры виртуальных таблиц

Я бы эту таблицу (ДвиженияССубконто) не стал бы использовать даже бухим. Не нужна она в 99% случаев

а что ей быстро работать?

ты сначала из нее все выгребаешь, а потом на результат условия накладываешь

(0) >>  к оборотам обращение мгновенное.

Ну вот и обращайся к Оборотам. Нафуя таблица движений?

и см. (3) >> открой для себя параметры виртуальных таблиц

(0) насчет "параметры виртуальных таблиц", строки после "ИЗ" замени на (если я ничего не забыл)
    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ОборотыДтКт(&НачПериода, &КонПериода, Регистратор, СчетДт = &Счет, , СчетКт = &КорСчет, &Материал, ) КАК ХозрасчетныйОборотыДтКт

+7
ну и все "ХозрасчетныйДвиженияССубконто" на "ХозрасчетныйОборотыДтКт"  :)