Добрый день.
Задача переноса независимого справочника подразделений в подчиненный организациям. Например "Администрация" в источнике одна, а в приемнике для каждой организации.  
Поиск в ПКО подразделения указан по наименованию и владельцу.
Галка Искать объект по уникальному идентификатору снята.
Соответственно продолжать поиск по полям поиска недоступно.

В файле выгрузки подразделение есть, а в документы оно не заполняется.
Подозреваю что это из-за отключения обоих вариантов поиска.
Подскажите,пожалуйста, каким способом можно перенести подразделение?

а с чего оно будет заполняться? ты в документах прописал ПКС Подразделений, указал у них владельцев?

(0) нужно во всех ПКО, где есть реквизит подразделение указывать, откуда будет браться организация

владельцы прописаны в ПКС подразделений во все документы.
В ПКС подразделения у документа организация пишется в исходящие данные.
В ПКО подразделений у справочника владелей заполняется из входящих данных.
В файле выгрузки владелец присутствует, но подразделение похоже не обрабатывается.

(3) справочник не заполняется или только документ?

справочник заполняется. не заполняется подразделение в документе.

>>Соответственно продолжать поиск по полям поиска недоступно.

нет, в этом случае поиск идет по отмеченным элементам в ПКС. Например из 7.7 там вообще поиск по гуиду не включишь.