Вот код:

          Контр = Справочники.Контрагенты.ПолучитьСсылку(Новый Уникальныйидентификатор(ID));
        Если Контр.Пустая() Тогда
            Сообщить("не найден контрагент по вн коду " + ID);
        Конецесли;    

  При любом значении ID находится ссылка на объект "ОбъектНенайден".
  Т.е. ссылка не пустая.
  Как определить , что "ОбъектНенайден" ?
  По реквизитам ?

Если Контр.ПолучитьОбъект() = Неопределено

(1) Спасибо

Если объект ковырять не будешь - лучше запрос попытаться найти в справочнике

Немного бустрее будет запросом = найти запросом элемент справочника контрагенты, где ссылка = Контр. Если таких нет, то не найден.
Получить объект немного дольше (правда актуально для тысяч подобных поисков)