После перехода и проведения документов ввода начальных остатков появились остатки по счету 19, которых не было в редакции 1.6. Кто-нибудь сталкивался с подобной ситуацией? Из-за чего такое может быть?

и даже не видно регистраторов, которые сделали эти проводки?
А вообще в 1.6 была куча регистров по НДС. Может Вы забивали на них?

(0) ага, вероятнее всего из регистров остатки залезли.
Ващето уже на 3.0 пора, а тут еще 1.6 :)